华大生命科学研究院

徐讯:技术的变革,带来了从科研到产业的范式转变

发布日期:2023/09/06

为庆祝华大成立24周年,并纪念薛定谔发表“生命是什么”系列演讲80周年、DNA双螺旋结构发现70周年、人类基因组完成图完成20周年,特设【生命天书:无尽的探索】专栏。 
本期分享者:华大生命科学研究院院长徐讯



问:请问您与生命科学、与华大的缘分是怎么开始的?

徐讯:我从小就对生物领域比较感兴趣,高中经常参加生物竞赛,到大学就选了生命科学专业。我在中国科学院昆明动物研究所读研究生期间,导师与华大有项目合作,当时也因此来到这里,在华大完成了我的研究生课题。
那时候基因组领域正处于一个关键时期,高通量测序技术刚刚出来,大家开始用它来做群体基因组研究。当时我做的是水稻的人工选择进化研究,对包括栽培稻和野生稻在内的50株水稻进行基因组测序,在栽培稻中发现了一些人工选择的基因。这样的经历让我对基因组技术有了非常浓厚的兴趣。
这个阶段,我在华大还遇到了很多有意思的项目。比如,土豆基因组项目,我们借助技术的突破,用短序列把一个土豆的复杂基因组完整组装出来。这在当时是非常轰动的,获得了全球的关注。这些项目为农业发展提供了非常重要的数据基础,后来也都实现了应用转化。



问:今年是人类基因组计划完成20周年,回顾这20年,您觉得最大的变化是什么?


徐讯:最大的变化之一就是成本。过去20年里,单个人的全基因组测序的成本下降了8个0,这是其它任何领域都不曾出现的成本下降速度。而且,在这个过程中,数据量和通量也呈现爆发式的增长。最初,第一个人类基因组的测序用了13年时间,现在基于华大智造超高通量测序仪DNBSEQ-T20x2,一年能够完成5万例人全基因组测序。这使得我们每一个人都有望在真正意义上拥有自己的基因组,用来解读自己生命的密码,精准管理自己的健康。
这也带来了一个新的科学问题,就是在如此巨大、复杂的数据基础上,我们是不是可以基于大数据、人工智能进行更好的解读,从而更好地指导健康管理和疾病防控。
过去这20年,生命科学领域变化所带来的影响是非常深远的,其中很核心的一点就是技术变革带来了从科研到产业的范式转变。



问:成本的快速下降,离不开工具的自主。请您介绍一下最初的测序仪研发工作?


徐讯:2012年,为了研发华大自主的基因测序仪,我开始牵头搭建研发团队,并负责对Complete Genomics(CG)的并购及后续整合工作。到2015年,我们就正式发布了第一款华大自主研发的测序仪。此后,我们所有的科研数据产出就完全切换到了自主的基因测序仪上。


测序仪是一个非常复杂的系统,涉及到不同体系的软件工程。由于我们还需要建立自主的知识产权体系,以突破专利封锁,这让我们面临了更大的挑战。为此,我们组建了包括有机化学、分析化学、生化等在内的跨学科团队,从不同领域去思考。最后,我们不仅实现了测序仪的自主可控,而且还通过自主的大规模实践,验证了仪器的可靠性和稳定性,实现了在性能方面的大幅提升。



问:除测序仪之外,华大还最新研发了时空组学技术,并与多国科学家共同发起了时空组学联盟。能够请您介绍一下时空组学联盟的情况?
徐讯:2021年,我们在完成时空组学技术工具的研发和验证之后,发表了一系列的预印文章,有很多科学家找到我们,表示希望能基于我们的技术平台去解决不同的科学问题。于是,我们开始考虑能否发起一个联盟,让大家在一个通用的平台上沟通交流,从而更好地推动全球协作。这个想法得到了很多科学家的支持,于是在2022年5月时空组学专题文章发表的时候,联合国内外科学家共同发起了时空组学联盟,一开始就有120多个团队加入。


目前,联盟已经有来自30多个国家的超过270个团队加入。我们形成了不同的工作组,比如癌症工作组、脑科学工作组、免疫系统疾病工作组等,大家基于共同的平台和原则,使用时空组学技术开展前沿探索,交流科学想法。过去这一年多,已经陆续产生了一系列科研成果。



问:人类时空组学大科学计划又是什么?它希望实现什么目标?


徐讯:时空组学大科学计划的核心目标,就是要构建出人体所有器官在时间和空间维度上的单细胞精细图谱。我们希望在更精细的维度上去认知人体结构,认知人类疾病的发生发展过程,从而带来全新的疾病诊断和治疗工具及方法,这是时空组学大科学计划期望的产出之一。这个项目就像人类基因组计划一样,需要来自不同领域的全球科学家团队共同参与。



问:如果要对未来从事生命科学研究的年轻人说几句话,您想说什么?
徐讯:可能对于现在要进入到生命科学领域学习的人来说,这个领域是比较有挑战的。其实,我读大学的时候也很迷茫,感觉生命科学和其它理科不一样。
在接触华大之后,我才真正意识到生命科学实际上是一个非常有价值的学科,它能解决人类社会必须要面对的终极问题,从而真正造福人类。学习生命科学一方面是要学,另外一方面还是要实践。像华大创新班的学生,他们通过实践,会对生命科学有更加深刻的认知,也会更坚定从事生命科学研究的决心。


【返 回】

上一篇:刘龙奇:科技创新的范式正在发生变化 下一篇:尹烨:研究生命,始终在路上