华大生命科学研究院

数据压缩软件SeqArc

发布日期:2020/10/15

SeqArc是一款针对FASTQ格式的数据压缩软件,同时支持reference-base和reference-free的快速高效的测序数据压缩。SeqArc针对不同的数据能够达到gzip压缩比的2-5倍,特别针对NovaSeq四碱基质量值梯度的测序结果,能够将一个标准的30X WGS数据压缩到15GB左右。在性能上,SeqArc具有良好的线程扩展性,32线程下对非gz的FASTQ文件能够达到300MB/s和400MB/s的压缩和解压效率。同时,SeqArc提供管道输出无缝对接下游分析工具。

软件库:https://github.com/BGI-flexlab/seqarc


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