SOAPnuke 是一款快速测序数据质控软件，支持过滤和剪切低质量值、含N过高、含接头序列等的低质量测序数据。同时，SOAPnuke支持不同类型的测序数据的不同特点过滤，包括支持常规基因组测序数据、RNA测序数据、Meta测序数据和stLFR测序，同时SOAPnuke也支持BAM/CRAM格式的输入和输出。在性能上SOAPnuke具有较好的线程扩展性，8线程下能够在48分钟完成1个30X WGS数据过滤。

软件库：https://github.com/BGI-flexlab/SOAPnuke

软件文章：Chen Y, Chen Y, Shi C, et al. SOAPnuke: a MapReduce acceleration-supported software for integrated quality control and preprocessing of high-throughput sequencing data. Gigascience. 2018;7(1):1-6. doi:10.1093/gigascience/gix120 [PMID: 29220494]

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