2021年4月28日,Nature在线发表了关于绒猴二倍体基因组及相关演化遗传基础的研究成果,该研究来自于深圳华大生命科学研究院的生物多样性基因组学课题组(http://zhanggjlab.org/)。该团队由哥本哈根大学张国捷教授带领,主要研究方向之一是利用比较基因组学开展物种宏观演化格局和机制。在过去多年里,团队发起并领导了多个具有重大影响力的国际基因组学研究项目如万种鸟类基因组研究项目、脊椎动物基因组项目、反刍类基因组项目、全球蚂蚁基因组研究项目、地球生命基因组计划等,在基因组演化及其相关的各研究领域开展了大量的开拓性工作,取得了一系列原创性研究成果。该团队在最近的6个月内连续发表了4篇Nature 和2篇Cell 论文,相关文章被选为杂志封面:
二倍体生物体的两个单倍型序列的准确和完整组装对于理解基因组功能,表型和疾病中变异的作用至关重要。2021年4月28日,哥本哈根大学,中国科学院昆明动物所及华大基因等多单位合作,张国捷团队在Nature 上在线发表了题为“Evolutionary and biomedical insights from a marmoset diploid genomeassembly”的研究论文,该研究提出了二倍体物种‘完美基因组’的新标准,即父母本两套基因组应完全独立组装到染色体水平。研究利用家系基因组测序数据,独立组装出人类疾病研究模型之一——普通狨猴(Callithrix jacchus)——父母本两套高质量的基因组,为进入“完美基因组”时代提供了一个范例。该工作是脊椎动物基因组项目的重要成果之一。同时该期Nature 杂志以封面形式报道了多篇来自该项目的其他文章。
另外,2021年2月5日,国际著名学术刊物Cell 在线发表了题目分别为“Tracing the genetic footprints of vertebratelanding in non-teleost ray-finned fishes”和“African lungfish genome sheds light on thevertebrate water-to-land transition”的两篇研究论文,两项姊妹篇研究分别解析了原始辐鳍鱼类塞内加尔多鳍鱼、匙吻鲟、弓鳍鱼和鳄雀鳝,以及现生肉鳍鱼类中与四足动物亲缘关系最近的非洲肺鱼共五个物种的基因组。两篇论文交叉整合了基因组学、进化生物学、鱼类学、古生物学、计算生物学和分子生物学等学科,从不同角度和不同演化节点揭示了脊椎动物水生到陆生的转变之谜。
2021年1月6日,深圳华大生命科学研究院、昆明动物研究所及哥本哈根大学张国捷、浙江大学周琦和阿德莱德大学Frank Grutzner共同通讯在Nature 在线发表题为”Platypus and echidna genomes reveal mammalian biology and evolution“的研究论文,该研究发表了鸭嘴兽和短鼻针鼹(后简称针鼹)的基因组,并利用其信息对哺乳动物的演化以及单孔目性染色体演化进行了分析,为深入了解哺乳动物的重要演化历程提供了新的结果。
2020年11月12日,张国捷课题组在Nature 上以封面文章形式同期发表了两篇文章,报道了万种鸟类基因组计划第二阶段(科级别)的研究结果。研究团队发表了363种鸟类基因组数据,同时通过这一数据建立了无参考序列下多基因组比对和分析的新方法,并基于这一新方法阐明高密度物种取样对生物多样性研究的重要性。
相关论文信息:
https://www.nature.com/articles/s41586-021-03535-x
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00089-1
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00090-8
https://www.nature.com/articles/s41586-020-03039-0
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2873-9
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2871-y
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